Die erste Universität in Pécs wurde 1367 als eine der ältesten in Mitteleuropa von König Ludwig I. dem Großen gegründet. Die heutige Universität Pécs entstand im Jahre 2000 durch die Zusammenlegung der JPTE mit der heutigen Medizinischen Fakultät, und der ädagogischen Gyula-Illyés-Hochschule. Die Universität gliedert sich heute in zehn Fakultäten mit rund 30.000 Studenten, ist damit die größte Institution in Ungarns Hochschulwesen.
Seit 1984 gibt es einen englischsprachigen Studiengang, der erste dieser Art in Mitteleuropa. Das Studium in deutscher Sprache gibt es seit 2004.
